大学院生(医歯学4年)の中川晴子さんの論文が出版されました。本研究では、単一細胞RNA-seqデータだけから、細胞型ごとのミトコンドリアDNA（mtDNA）欠失を見つけ出す計算パイプライン MitoDelta  を開発しました。従来のバルク解析では平均化で見えにくかった変異...

当研究室(理研)の大学院生・一久和宏さん（筆頭著者）と二階堂愛教授（責任著者）による研究論文 「 The Effect of Multi-Task Learning on the Prediction of Neoantigen–MHC Class II Binding 」...

我々は理研BDRの高瀬さん、三品さん、北島さんらとともに、女性の生殖機能を根幹から支える原始卵胞活性化（PFA）の分子機構に焦点を当て、特にWNTシグナル伝達が卵胞内の細胞間相互作用に果たす役割を明らかにしました。WNTリガンドの分泌因子 Wntless...

近年、単一細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）の発展により、細胞間相互作用（cell–cell interactions: CCIs）の網羅的解析が可能になりましたが、従来の手法では細胞型間の「1対1」相互作用を仮定しているものが多く、実際に観測される「多対多」の複雑...

世界最高性能の1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2を使って、胃の幹細胞の未分化維持のしくみや、胃の表面を保護する粘液を分泌する細胞への分化のしくみを解明しました。NAIST栗崎研との共同研究です。 Takada, H., Sasagawa, Y.,...

ゲノム機能情報分野では歯学部4年生の「研究実習」を受け入れています。今年度は柴田翔太さんが配属されました。研究テーマは1細胞RNA-seqデータを用いた歯発生に関わる細胞間コミュニーケーションの予測で、10/6に発表会が行われました。発表内容の評価され口腔病学会での発表に推...