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実験

機能ゲノム科学

​細胞からDNAシーケンスまで

細胞培養室、DNA実験室、RNA実験室を備え、ほとんどのゲノム科学実験を行えます。大規模実験を労働集約型ではなく効率的に行うために、様々な自動分注ロボット装置、ハイスループット型の計測機器、マイクロ流体装置、長鎖DNAシーケンサーが配備されています。学内や理研の研究室と連携し短鎖DNAシーケンスも行うことができます。

研究室内や冷蔵冷凍庫の温度や湿度、空気中の粒子数、静電気など実験に関わる環境情報は常にセンサーでモニターされていたり機器によって制御されています。また自身の実験の様子を動画で捉えるスタジオ機能のある実験台も用意してあります。これにより不意な実験エラーを極力抑え再現性の高い実験ができる工夫がなされています。

実験プロトコールや実験ノート、実験リソース管理はすべてデジタル化されています。実験手技については豊富な動画コンテンツが用意されています。

Image by Pankaj Patel

ゲノム情報科学

豊富で多様な計算資源

我々の研究室では東大医科研で提供されているスーパーコンピューターSHIROKANEとScience Tokyoのストレージサーバ、理研のスーパーコンピューターHOKUSAI, R-CCSのGPUスパコンを利用して大規模な計算が行えます。研究室にもGPUワークステーションや大規模ファイルサーバがあります。

さらに理研バイオインフォマティクス研究開発チームが持つ専有PCクラスタが利用できます。専任のエンジニアがハードウェアやソフトウェアの管理やサポートを行っています。

メンバーにはノートパソコンが貸与され研究活動に利用できます。研究作業に集中できるよう全員にパーテーション付きの120cm幅以上のデスクを用意しており、作業効率化のため外部モニターを貸与しています。

データ解析や機械学習、統計科学、生命科学に関する豊富な書庫を持ち自由にご利用頂けます。予算の許す限り希望した書籍はすべて購入して貸与しています。

Department of Functional Genome Informatics, Division of Biological Data Science, Medical Research Laboratory (MRL), Institute of Integrated Research (IIR), Institute of Science Tokyo

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©2020 by Nikaido Lab@MRI TMDU

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