2026年度理研大学院生リサーチ・アソシエイトが募集開始されました。二階堂教授が兼務している理研の研究室に所属し、理研和光・神戸・科学大御茶ノ水キャンパスで研究ができます。月額250,000円+各種手当。オミクス基盤モデル研究や新規オミクス実験技術開発を目指す方。勤務地は和...

大学院生(医歯学4年)の中川晴子さんの論文が出版されました。本研究では、単一細胞RNA-seqデータだけから、細胞型ごとのミトコンドリアDNA（mtDNA）欠失を見つけ出す計算パイプライン MitoDelta  を開発しました。従来のバルク解析では平均化で見えにくかった変異...

RIKEN TRIP AGIS とNVDIA、二階堂研で、生命科学向け大規模AI (基盤モデル)のオンラインチュートリアルとハッカソンを実施しました。 NVIDIA BioNIMO をもちいて、遺伝子発現の基盤モデルGeneformer、ゲノム言語モデルEvo2を最新のGP...

当研究室(理研)の大学院生・一久和宏さん（筆頭著者）と二階堂愛教授（責任著者）による研究論文 「 The Effect of Multi-Task Learning on the Prediction of Neoantigen–MHC Class II Binding 」...

我々は理研BDRの高瀬さん、三品さん、北島さんらとともに、女性の生殖機能を根幹から支える原始卵胞活性化（PFA）の分子機構に焦点を当て、特にWNTシグナル伝達が卵胞内の細胞間相互作用に果たす役割を明らかにしました。WNTリガンドの分泌因子 Wntless...

近年、単一細胞RNAシーケンス（scRNA-seq）の発展により、細胞間相互作用（cell–cell interactions: CCIs）の網羅的解析が可能になりましたが、従来の手法では細胞型間の「1対1」相互作用を仮定しているものが多く、実際に観測される「多対多」の複雑...

世界最高性能の1細胞RNA-seq法Quartz-Seq2を使って、胃の幹細胞の未分化維持のしくみや、胃の表面を保護する粘液を分泌する細胞への分化のしくみを解明しました。NAIST栗崎研との共同研究です。 Takada, H., Sasagawa, Y.,...

生命理工の田中 柚希が理研大学院リサーチ・アソシエイト(JRA)に採用されました。おめでとうございます。 JRAについては以下をご覧ください https://www.riken.jp/careers/programs/jra/index.html

ゲノム機能情報分野では歯学部4年生の「研究実習」を受け入れています。今年度は柴田翔太さんが配属されました。研究テーマは1細胞RNA-seqデータを用いた歯発生に関わる細胞間コミュニーケーションの予測で、10/6に発表会が行われました。発表内容の評価され口腔病学会での発表に推...

難治疾患研究所は学内外の1細胞オミクス実験の共同研究を推進するために単一細胞オミクス解析室を設立しました。解析室運営で中心的な役割を果たしてくれる助教を公募します。応募前のカジュアル面談・見学等を受け付けておりますのでお気軽に連絡頂けると幸いです。...

AMED 令和3年度 脳とこころの研究推進プログラム（精神・神経疾患メカニズム解明プロジェクト） に採択されました。順天堂大学の加藤忠史先生を研究代表として、精神疾患の細胞レベルからの理解を目指します。

2021年4月1日より准教授として笹川洋平さん、助教として山根万里子さんが着任しました。

AMED再生医療実現拠点ネットワークプログラム(技術開発個別課題)「高出力マルチオミクスによる細胞特性計測の深化」が採択されました。このプロジェクトでは1度の実験で全遺伝子発現やゲノム構造変化を大規模に計測する実験技術とデータ科学技術の開発を行います。この技術を用いた共同研...

独立行政法人日本学術振興会のフェローシップである特別研究員の公募が開始しています。我々の研究室でも受入可能です。ゲノム科学やそのデータサイエンスの研究に興味のある方はぜひ我々と一緒に研究しましょう。 まずはZoomで研究室の紹介や応募内容の相談をしましょう。申請書作成も全面...

東京医科歯科大学医学部附属病院総合教育研修センターでは基礎研究医プログラムを2022年度より開始します。 本プログラムは、臨床研修と同時に基礎医学系の大学院に入学することにより、臨床と基礎研究 を両立しながら各人の希望にあった幅広い臨床研修を組み⽴てることができることを特色...

二階堂研が所属している医科歯科大難治研では、修士課程・博士課程受験希望者を対象としたオンライン説明会を行います。

ゲノム科学やバイオインフォマティクス研究で修士号・博士号の取得を目指しませんか? 我々の研究室では大学院生を募集しています。機械学習や統計科学、計算機科学を用いたデータサイエンスの研究、分子生物学や生化学を用いたゲノム実験技術の開発に興味のあるかたはぜひご応募ください。本学...

進学を希望される方に向けて、我々のこれまでの研究活動を紹介します。ここでは、手軽に研究活動を把握できるよう、ウェブ上で日本語で読める記事を集めてみました。これまでのプレスリリースやインタビューが中心になります。 プレスリリース...